在分子生物学和基因工程的实验研究中，基因组DNA打断技术是一个至关重要的步骤，常用于基因功能分析、基因组编辑以及转基因生物的构建。其中，超声法与酶切法是两种常见的基因组打断方法，但各自具有各自的性能应用。那在面对细菌基因组打断时，我们该如何选择应用呢？
将细菌基因组打断，是构建文库的第一步，也是构建多样文库的一个重要保障。下面我们看一下分别用超声波和酶切法打断“布鲁菌16M株”基因组的效果图。
超声波和酶切法对布鲁菌细菌基因组打断的对比效果展示
调整超声时间，打断结果图
基因组DNA打断效果的检测分析
基因组打断效果检测分析：为了建立布鲁菌基因组随机文库，通过用Sau3AI 酶切和超声破碎基因组，得到想要的基因片段，为后续试验做准备。所需基因片段小于500 bp，片段均匀，大小适中（通过调整不同参数，确定适合应用的程序参数）。而通过电泳检测可知， 酶切法得到的基因片段大多数都是小片段，超声法得到的片段为一条抹带，符合后续试验需要。
超声法对DNA的打断是随机的，且实验重复性较高。对于那些与DNA结合不紧密的蛋白或低丰度表达的蛋白，如调控因子、转录因子等通常需要用交联试剂固定样本 ( 细胞或组织) 以稳定蛋白质和DNA的形态，这种情况适合选用超声法。如果样本无需交联，例如研究对象是与DNA 结合紧密的蛋白或高丰度表达的蛋白，那么便可以使用酶法。但酶切法得到的DNA片段相对较短，不适合染色质免疫共沉淀技术及与芯片方法的结合(CHIP－Chip) 实验和染色质免疫沉淀测序(CHIP－Seq) 实验。
超声波DNA打断用到的仪器：非接触超声波DNA打断仪XM-26A单通道
超声波DNA打断仪采用等温非接触的方式对样品进行打断、匀浆和混合。用于无菌、可超微量破碎，隔着离心管能打断染色体。专为二代测序DNA样本与染色质免疫共沉淀实验样本前处理量身订做。相比传统的探头超声波破碎仪，探头与样品直接接触，一次只能处理一个样品，实验周期长。对于多个样品，需要重复使用同一探头，容易造成样品交叉污染。非接触式样品可在密闭容器下进行破碎，不产生感染性飞雾，超声探头与样品不接触，避免交叉污染。对于每天要处理多个样品或者贵重样品的实验室。
非接触超声波DNA打断仪具有处理高通量，样本低损耗，无交叉污染等优势。逐渐成为ChiP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
