ChIP实验原理：是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
1. 细胞交联（Crosslinking）
● 实验目的：通过甲醛交联将蛋白质与DNA结合固定，形成稳定的复合物。
● 实验步骤：向细胞培养基中加入甲醛（通常浓度为1%），孵育10-15分钟。加入甘氨酸终止交联反应。收集细胞，用预冷的PBS洗涤。
2. 细胞裂解（Cell Lysis）
● 实验目的：裂解细胞，释放染色质。
● 实验步骤：使用含有蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液裂解细胞。离心收集细胞核。
3. 染色质打断（Chromatin Shearing）
● 实验目的：将染色质打断成200-1000 bp的片段，便于后续免疫沉淀。
● 实验步骤：使用超声仪将染色质打断。应用酶解法，使用微球菌核酸酶（MNase）消化染色质。
● 注意：打断后需通过琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪检测片段大小。
4. 免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）
● 实验目的：利用特异性抗体捕获目标蛋白-DNA复合物。
● 实验步骤：将染色质片段与目标蛋白的特异性抗体孵育（通常过夜）。加入Protein A/G磁珠或琼脂糖珠，捕获抗体-蛋白-DNA复合物。洗涤磁珠，去除非特异性结合。
5. 解交联（Reverse Crosslinking）
● 实验目的：释放DNA，便于后续分析。
●实验步骤：加入含有蛋白酶K的解交联缓冲液，65℃孵育数小时或过夜。加热使蛋白质变性，释放DNA。
6. DNA纯化（DNA Purification）
●实验目的：纯化DNA，去除蛋白质和RNA。
● 实验步骤：使用酚-氯仿抽提或商业化的DNA纯化试剂盒。通过乙醇沉淀或离心柱法回收DNA。
7. DNA分析（DNA Analysis）
● 实验目的：检测目标DNA片段。
●实验步骤：定量检测目标DNA片段的富集程度。高通量测序分析全基因组范围内的蛋白质结合位点。
ChIP实验的关键点：
● 抗体特异性：抗体的质量直接影响实验结果，需选择经过验证的高特异性抗体。
● 染色质打断：片段大小需控制在200-1000 bp，过大或过小都会影响免疫沉淀效率。
● 对照设置：包括Input对照、IgG对照等，确保实验结果的可靠性。
ChIP实验虽然步骤较多，但通过优化条件和选择合适的工具（如高效的DNA打断仪），可以显著提高实验效率和成功率。
传统的超声打断法存在诸多痛点：
● 操作繁琐，耗时耗力： 需要反复摸索超声条件，耗时长达数小时。
● 样本损失大，重复性差： 超声过程中容易产生热量，导致样本降解，实验结果不稳定。
● 难以处理微量样本： 传统方法对样本量要求高，难以满足微量样本的实验需求。
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非接触超声波DNA打断仪：XM-26A（单槽）/XM-150A（双槽）
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